Στην προγραμματική περίοδο 2007-2013 ενισχύεται η διοικητική αποτελεσματικότητα των φορέων υλοποίησης (δικαιούχων) συγχρηματοδοτούμενων έργων, με τη θέσπιση κανόνων επιβεβαίωσης της διαχειριστικής επάρκειάς τους, πριν από την ανάληψη της ευθύνης εκτέλεσης έργων. Προβλέπεται ειδική διαδικασία με την οποία καθορίζονται οι απαιτήσεις ή το πρότυπο διαχείρισης έργων, οι διαδικασίες και οι αρμόδιοι φορείς για την επιβεβαίωση της διαχειριστικής επάρκειας των δικαιούχων, λαμβάνοντας μέριμνα του μεγέθους και των ιδιαιτεροτήτων των έργων που συγχρηματοδοτούνται από το ΕΚΤ, καθώς και των δικαιούχων που θα τα υλοποιήσουν.

Μέχρι την έναρξη εφαρμογής της ανωτέρω διαδικασίας, η οποία προβλέπεται να γίνει την 1.1.2009, και για ειδικές κατηγορίες πράξεων και ιδίως για τα συνεχιζόμενα από το ΚΠΣ 2000-2006 έργα, η διαχειριστική επάρκεια των δικαιούχων επιβεβαιώνεται σύμφωνα με οδηγίες της εθνικής αρχής συντονισμού και με τα όσα προβλέπονται στην επιστολή με αρ. πρωτ. ΕΥΣΣΑΑΠ1469/04.05.2007 του Υπουργού Οικονομίας & Οικονομικών.

Σε περίπτωση δικαιούχων για τους οποίους δεν επιβεβαιώνεται η διαχειριστική τους επάρκεια, η αρμοδιότητα υλοποίησης δύναται να μεταβιβαστεί με προγραμματική συμφωνία των δύο μερών στην αρχή στην οποία υπάγονται ή από την οποία εποπτεύονται ή σε συναφή δημόσια υπηρεσία ή ανώνυμη εταιρεία του ευρύτερου δημόσιου τομέα, η οποία ικανοποιεί τα κριτήρια διαχειριστικής επάρκειας δικαιούχων. Στην περίπτωση που στον φορέα που αναλαμβάνει υλοποίηση έργου σύμφωνα με τα προηγούμενα, προκαλούνται πρόσθετες δαπάνες για τις υπηρεσίες διοίκησης που παρέχει, αυτές περιλαμβάνονται στον προϋπολογισμό του έργου και καλύπτονται απολογιστικά είτε από το ίδιο το έργο είτε από την τεχνική βοήθεια του ΕΠ στο οποίο εντάσσεται. Μετά την παραλαβή προς χρήση, το έργο παραδίδεται στον δικαιούχο μαζί με πλήρη τεχνική και οικονομική τεκμηρίωση.