Σύμφωνα με το άρθρο 48 παρ.3 του Καν. (ΕΚ) 1083/2006 τα κράτη μέλη πραγματοποιούν αξιολογήσεις που συνδέονται με την παρακολούθηση ΕΠ, ιδίως όταν, κατά την εν λόγω παρακολούθηση διαπιστωθεί σημαντική απόκλιση από τους στόχους που τέθηκαν αρχικά ή όταν υποβάλλονται προτάσεις για την αναθεώρηση των προγραμμάτων αυτών (αξιολογήσεις επιχειρησιακής φύσης).

Επιπλέον σύμφωνα με τον προαναφερόμενο Κανονισμό, τα κράτη μέλη μπορούν για τα ΕΠ του στόχου «Σύγκλιση» και σύμφωνα με την αρχή της αναλογικότητας, να συντάσσουν σχέδιο αξιολόγησης που περιλαμβάνει τις ενδεικτικές δραστηριότητες αξιολόγησης που σκοπεύει να πραγματοποιήσει το κράτος μέλος κατά τις διάφορες φάσεις της υλοποίησης.

Στο πλαίσιο αυτό η Ελλάδα αξιοποιώντας και τις οδηγίες της Επιτροπής για την αξιολόγηση των ΕΠ και του ΕΣΠΑ κατά την διάρκεια της προγραμματικής περιόδου (Draft Working Paper No 5: Evaluation during the programming period: on going evaluation –An integrated management tool) διαμόρφωσε ενδεικτικό  σχέδιο αξιολογήσεων της περιόδου  2007-2013, όπου αποτυπώνεται ο προγραμματισμός των αξιολογήσεων σε στρατηγικό και επιχειρησιακό επίπεδο στο πλαίσιο των στόχων της «Σύγκλισης» και της «Περιφερειακής Ανταγωνιστικότητας και Απασχόλησης».

Οι αξιολογήσεις που συνδέονται με την παρακολούθηση του ΕΠ πραγματοποιούνται με ευθύνη της διαχειριστικής αρχής και σύμφωνα με τις γενικές αρχές που καθορίζονται από την εθνική αρχή συντονισμού για την αξιολόγηση όλων των ΕΠ στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ και σε συνεργασία με την  ΕΥΣΕΚΤ, εφόσον το ΕΠ συγχρηματοδοτείται από το ΕΚΤ ή υλοποιεί δράσεις τύπου ΕΚΤ μέσω της χρήσης της ρήτρας ευελιξίας του 10% (ή 15%).

Εκτός από τις προτεινόμενες στο σχέδιο, αξιολογήσεις, είναι δυνατόν να  πραγματοποιηθούν, κατά τη διάρκεια της προγραμματικής περιόδου και άλλες αξιολογήσεις, σε περιπτώσεις που θα κριθεί αυτό αναγκαίο, λόγω τροποποιήσεων των επιχειρησιακών προγραμμάτων ή του ΕΣΠΑ. Τροποποιήσεις του ΕΠ που θα απαιτήσουν πιθανά αξιολόγηση αφορούν τροποποιήσεις στη χρηματοδοτική κατανομή των διατιθέμενων πόρων μεταξύ των Αξόνων προτεραιότητας, τροποποιήσεις στους στόχους ή/και το περιεχόμενο των Αξόνων του ΕΠ, και τέλος τροποποιήσεις στις Διατάξεις Εφαρμογής. Οι παραπάνω αξιολογήσεις δεν είναι δυνατόν να προσδιορισθούν χρονικά στην παρούσα φάση σχεδιασμού.

Για τα αποτελέσματα των αξιολογήσεων αυτών η διαχειριστική αρχή ενημερώνει την επιτροπή παρακολούθησης του ΕΠ, την Επιτροπή, την εθνική αρχή συντονισμού και την ΕΥΣΕΚΤ, εφόσον το ΕΠ συγχρηματοδοτείται από το ΕΚΤ ή υλοποιεί δράσεις τύπου ΕΚΤ μέσω της χρήσης της ρήτρας ευελιξίας του 10% (ή 15%).